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Genome Data

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NOTE: LEGACY PAGE, SEE http://usegalaxy.org FOR MOST CURRENT DATABASE BUILDS ++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

We have a growing collection of genomes available for use with various tools in Galaxy. Most of our data comes from UCSC, as downloaded from http://hgdownload.cse.ucsc.edu/downloads.html. The builds we get from UCSC are consistently named and are more or less consistent in the specific data they contain. However, we have started getting more and more from alternative sources. These don't always have standard build names that can be identified, and it is not always straightforward which data should be added if the main set of data doesn't include it (mitochondria, plastid, plasmid, chloroplast...?). This page is intended to give important details about each build. Currently there's a table showing which genomes are available for specific tools.

NOTE: As of Jan 5, 2011, this page shows only data for NGS tools.

Genome variants

The Full variant has every single contig that is considered part of the genome, plus mitochondrial DNA and even plasmid, plastid, and chloroplast if relevant. Every genome build for which we have data includes this variant at minimum.

The Canonical (also, Canonical Male) variant has only the named chromosomes (plus mitochondrial, etc. if well-defined). This variant is included only when the build is fairly "clean", so that there are numerous well-defined chromosomes.

One other possible variant is Canonical Female, which is identical to the Canonical Male except it excludes chrY.

Genomes available for specific tools

NGS Tools

Lastz can use any genome we have basic data for, so it's not listed here. Tools that are currently only on our test server are also listed here. For Lift-over and alignments, see the tables below for specifics (coming soon).

A Y indicates that that tool can be run for that build. A - also indicates that it can be run, but the tool uses the Full version's build instead of the specific one.

Species Specifics Build Name BFAST-base-space BFAST-color-space Bowtie-base-space Bowtie-color-space BWA-base-space BWA-color-space PerM-base-space PerM-color-space Sam-tools SRMA
Aedes aegypti AaegL1 Y Y Y Y Y
Anopheles gambiae AgamP3 Y Y Y Y Y
Arabidopsis lyrata Araly1 Y Y Y Y Y
Armadillo (Dasypus novemcinctus) dasNov1 Y Y Y Y Y
Burkeholderia pseudomallei str. 668 13953 Y Y Y Y Y Y
str. 1106a burkPseu_1106A Y Y Y Y Y Y
str. 1710b 13954 Y Y Y Y Y Y
str. K96234 178 Y Y Y Y Y Y
Caenorhabditis briggsae Canonical cb3 Y Y Y - -
Full cb3 Y Y Y Y Y
Caenorhabditis brenneri caePb1 Y Y Y Y Y
caePb2 Y Y Y Y Y
Caenorhabditis elegans ce6 Y Y Y Y Y
Caenorhabditis japonica caeJap1 Y Y Y Y Y
Caenorhabditis remanei caeRem3 Y Y Y Y Y
Cat (Felis catus) felCat3 Y Y Y Y Y
Canonical felCat4 Y Y Y Y Y
Full felCat4 Y Y Y Y Y
Chicken (Gallus gallus) Canonical galGal3 Y Y Y Y Y
Full galGal3 Y Y Y Y Y
Chimpanzee (Pan troglodytes) Canonical panTro2 Y Y Y - -
Full panTro2 Y Y Y Y Y
Canonical panTro3 Y Y Y - -
Full panTro3 Y Y Y Y Y
Ciona intestinalis Canonical ci2 Y Y Y - -
Full ci2 Y Y Y Y Y
Cow (Bos taurus) bosTau4 Y Y Y Y Y
Culex quinquefasciatus CpipJ1 Y Y Y Y Y
Dog (Canis lupus familiaris) canFam2 Y Y Y Y Y
E. coli (Escherichia coli) str. APEC O1 eschColi_APEC_O1 Y Y Y Y Y
str. CFT073 eschColi_CFT073 Y Y Y Y Y
str. K12 substr. DH10B eschColi_K12_DH10B Y Y Y Y Y
str. K12 substr. MG1655 eschColi_K12_MG1655 Y Y Y Y Y
str. K12 substr. W3110 eschColi_K12_W3110 Y Y Y Y Y
str. O157H7 substr. EC4115 eschColi_O157H7_EC4115 Y Y Y Y Y
str. O157H7 substr. EDL933 eschColi_O157H7_EDL933 Y Y Y Y Y
str. O157H7 substr. Sakai eschColi_O157H7_Sakai Y Y Y Y Y
str. O157H7 substr. TW14359 eschColi_O157H7_TW14359 Y Y Y Y Y
Elephant (Loxodonta africana africana) loxAfr3 Y Y Y Y Y
Enterobacter sp. 638 ente638 Y Y Y Y Y
Species Specifics Build Name BFAST-base-space BFAST-color-space Bowtie-base-space Bowtie-color-space BWA-base-space BWA-color-space PerM-base-space PerM-color-space Sam-tools SRMA
Fission Yeast (Schizosaccharomyces pombe) Schizosaccharomyces_
pombe_1.1
Y Y Y Y Y
Frog (Xenopus tropicalis) xenTro2 Y Y Y Y Y
Fruit Fly (Drosophila melanogaster) dm3 Y Y Y Y Y
Fruit Fly (Drosophila virilis) droVir2 Y Y Y Y Y
droVir3 Y Y Y Y Y
Fruit Fly (Drosophila willistoni) droWil1 Y Y Y Y Y
Northern White-Cheeked Gibbon (Nomascus leucogenys) nomLeu1 Y Y Y Y Y
Honeybee (Apis mellifera) apiMel3 Y Y Y Y Y
Horse (Equus caballus) equCab2 Y Y Y Y Y Y Y Y
Human (Homo sapiens) Canonical hg18 Y Y Y - -
Full hg18 Y Y Y Y Y Y Y
Canonical Male hg19 - - Y Y Y Y - - - -
Canonical Female hg19 - - Y Y Y Y - - - -
Full hg19 Y Y Y Y Y Y Y Y
Korean Man Homo_sapiens_AK1 Y Y Y Y Y
Hydra magnipapillata Hydra_JCVI Y Y Y Y Y
Ixodes scapularis IscaW1 Y Y Y Y Y
J. Craig Venter (Homo sapiens) venter1 Y Y Y Y Y
Lancelet (Branchiostoma floridae) braFlo1 Y Y Y Y Y
Maize (Zea Mays) Zea_mays_B73_RefGen_v2 Y Y Y Y Y
Marmoset (Callithrix jacchus) Canonical calJac3 Y Y Y - -
Full calJac3 Y Y Y Y Y
Medaka (Oryzias latipes) Canonical oryLat2 Y Y Y - -
Full oryLat2 Y Y Y Y Y
Mouse (Mus musculus) Canonical mm8 Y Y Y - -
Full mm8 Y Y Y Y Y
Canonical Male mm9 Y Y Y - -
Canonical Female mm9 Y Y Y - -
Full mm9 Y Y Y Y Y
Mouse-ear Cress (Arabidopsis thaliana) Arabidopsis_thaliana_
TAIR9
Y Y Y Y
Species Specifics Build Name BFAST-base-space BFAST-color-space Bowtie-base-space Bowtie-color-space BWA-base-space BWA-color-space PerM-base-space PerM-color-space Sam-tools SRMA
Panda (Ailuropoda melanoleuca) ailMel1 Y Y Y Y Y
Pediculus humanus PhumU1 Y Y Y Y Y
phiX174 (AF176034) phiX Y Y Y Y Y Y Y Y Y
Pig (Sus scrofa) Sscrofa9.58 Y Y Y Y Y
susScr2 Y Y Y Y Y
Poplar (Populus trichocarpa) Ptrichocarpa_156 Y Y Y Y Y
Pristionchus pacificus priPac1 Y Y Y Y
Pseudomonas aeruginos str. PA7 16720 Y Y Y Y Y
str. PAO1 pseuAeru Y Y Y Y Y
str. UCBPP-PA14 386 Y Y Y Y Y
Purple Sea Urchin (Strongylocentrotus purpuratus) strPur2 Y Y Y Y Y
strPur3 Y Y Y Y Y
Spur_v2.6 Y Y Y Y Y
Rabbit (Oryctolagus cuniculus) oryCun2 Y Y Y Y Y
Rat (Rattus norvegicus) Canonical rn4 Y Y Y - -
Full rn4 Y Y Y Y Y
Rhesus Macaque (Macaca mulatta) rheMac2 Y Y Y Y Y
Rice (Oryza sativa japonica) oryza_sativa_japonica_
nipponbare_IRGSP4.0
Y Y Y Y Y
Sea Hare (Aplysia californica) aplCal1 Y Y Y Y Y
Silkworm (Bombyx mori) str. p50T Bombyx_mori_p50T_2.0 Y Y Y Y Y
Streptococcus pneumoniae str. R6 278 Y Y Y Y Y
Tetraodon (Tetraodon nigroviridis) Canonical tetNig1 Y Y Y - -
Full tetNig1 Y Y Y Y Y
Canonical tetNig2 Y Y Y - -
Full tetNig2 Y Y Y Y Y
Tribolium castaneum triCas2 Y Y Y Y Y
Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sacCer2 Y Y Y Y Y
str. S288C Saccharomcyes_cerevisiae_
S288C_SGD2010
Y Y Y Y Y Y
Zebrafish (Danio rerio) danRer5 Y Y Y Y Y
danRer6 Y Y Y Y Y
danRer7 Y Y Y Y Y Y
Zebra Finch (Taeniopygia guttata) Canonical taeGut1 Y Y Y - -
Full taeGut1 Y Y Y Y Y
Species Specifics Build Name BFAST-base-space BFAST-color-space Bowtie-base-space Bowtie-color-space BWA-base-space BWA-color-space PerM-base-space PerM-color-space Sam-tools SRMA